以下の手順で、cssの編集を行えば変更ができます。

1. 相互RSSのタグの中から次の、css設定部分を削除。
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://blogroll.livedoor.net/css/default2.css" />  
2. ブログのcss設定ページに以下のcssを追記。

http://blogroll.livedoor.net/css/default2.css
3. 追記したcssの一部を以下のように変更して保存。

・変更前
.blogroll-channel {
margin-bottom: 15px;
padding: 10px;
}
・変更後（あくまで一例です）
.blogroll-channel {
width: 500px;
height: auto;
border:1px solid #ff0000;（枠を付けたい場合）
margin-bottom: 15px; padding: 10px;
}
上記の例の中の「height」、「width」の値を変更することで、相互RSSの縦横幅の調整が行えます。