以下の手順で、html、 cssの編集を行うことでできます。

1. 相互RSSのタグの中から次の、css設定部分を削除。
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="http://blogroll.livedoor.net/css/default2.css" />  
2. ブログのcss設定ページに以下のcssを追記。

http://blogroll.livedoor.net/css/default2.css

3. 次の通り編集したhtmlを相互RSSを挿入する位置に記入。
<div class="blogroll_wrapper">
  <div class="blogroll_innner">
  <!-- 相互RSSのタグその1をここに挿入 -->
  </div>
  <div class="blogroll_innner">
  <!-- 相互RSSのタグその2をここに挿入 -->
  </div>
</div>

4. 次のcssを追記。
.blogroll_wrapper {
width: 100%;
overflow-y:scroll;
background-color: #F7F7F7;
}

.blogroll_innner {
width: 50%;
height: 300px;
float: left;
}
(注) 上記の手順はあくまで一例です。お好みの形に整えるには、別途ご自身でhtml、 cssを調整していただく必要があります。