EPUB書き出し機能で書き出されるEPUB3形式のファイルは、日本語のルビ(ふりがな)表示に対応しています。 以下のようにHTMLタグを記述することで、ルビを表示することができます。
<ruby>東京都<rt>とうきょうと</rt></ruby>
tokyo1
<ruby>東<rt>とう</rt></ruby><ruby>京<rt>きょう</rt></ruby><ruby>都<rt>と</rt></ruby>
tokyo2

※ともにKindle Paperwhiteでの表示

全体をrubyタグで囲い、その中でふりがなをrtタグで囲います。

上段の例では単語全体をタグで囲っています。全体で均等にルビが振られます。

下段の例では漢字ひとつずつにルビを振っています。それぞれの漢字の中心にルビが振られますが、ルビの文字数によっては文字間が空きやすくなります。

さらに、このままではrubyに対応していないリーディングシステムで閲覧した場合に不都合が生じるため、下記のようにかっこを追加し、rpタグで囲います。rpタグで囲った部分はrubyタグに対応したリーディングシステムでは無視されます。

<ruby>東京都<rp>(</rp><rt>とうきょうと</rt><rp>)</rp></ruby><ruby>渋谷区<rp>(</rp><rt>しぶやく</rt><rp>)</rp></ruby><ruby>渋谷<rp>(</rp><rt>しぶや</rt><rp>)</rp></ruby>
ルビ表示サンプル